鑑於五十年代初期香港社會對中文高等敎育之需要，崇基學院於一九五一年十月由香港基督教教會代表創辦，並於一九五五年依照香港政府法例註冊成立。
本校創辦之初，僅有學生六十三人，借用港島聖約翰大禮拜堂及聖保羅男女中學上課。其後再租賃堅道 147 號樓房及下亞厘畢道之聖公會霍約瑟紀念堂為校址。此項發展乃得美國之亞洲基督教高等教育聯合董事會、紐約之嶺南大學基金委員會與英國倫敦之亞洲基督教大學協會的經濟資助，而告達成者。本港各界人士及教會之經濟支援，亦有增無已。
蒙香港政府在新界馬料水撥贈土地一段，面積共計十英畝，並於其地增建火車站（現名為大學站），本校乃於一九五六年遷至環境優美的新界馬料水村永久校址。本校更大量購買鄰近土地，以為建築運動場及新增校舍之用。
一九六三年，香港中文大學成立，崇基遂成為三成員學院之一。
